Desesperado, el curtido conquistador ve que su gobernación está a punto de perderse y alista todos sus recursos enviando mensajes urgentes a Tierra Firme.
Alista entonces a los españoles que llegaban día a día desde Panamá, México y Santa María del Darien junto con nativos de Nicaragua y negros de guerra y los envía en misiones de rescate hacia el Cusco para salvar a sus hermanos y a su gobernación del ataque restaurador de Manco Inca.
Pero el monarca incaico, desde Tambo, le había encomendado a su mejor general Quizu Yupanqui la destrucción de cualquier misión de auxilio que desde Lima enviaran los barbudos lo cual hizo con abominable eficacia: sucesivamente el gran general incaico exterminó las expediciones de Gonzalo de Tapia en el paso del río Pampas, de Juan Mogrovejo de Quiñones en la cuesta de Parcos; a Diego Pizarro también en Parcos y, no conforme con ello, el gran general embiste a Alonso de Gaete en Jauja y lo aniquila junto con toda la vecindad española de la recientemente fundada ciudad y asimismo asola a todos los pueblos que habían mostrado apoyo a los barbudos invasores.
Algunos supervivientes lograron llegar a Lima a pie, después de varios días sin comer ni descansar, más muertos que vivos, anunciando el descalabro general. Pizarro había perdido cientos de jinetes y peones españoles, cuyas cabezas engalanaban ahora los patios de Tambo e ingente cantidad de acémilas, caballos, armas y víveres sin contar la muerte de nativos auxiliares y negros esclavos.
Mientras llegaban los refuerzos Francisco Pizarro envió a Panamá a Juan de Panés para que con 11,000 marcos de su propio dinero comprara urgentemente armas y caballos…pero la retirada de Francisco de Godoy que había sido enviado con una gran fuerza para tomar contacto con las expediciones anteriores le convenció de que la derrota era cierta de no mediar un concurso mayor y decidido de todos los reinos de Indias y del mismo Rey Carlos.
En aquellos momentos Pedro de Lerma era derrotado en las inmediaciones de Lima tratando de impedir el descenso de los imperiales hacia la capital siendo barrido sin remedio después de perder un jinete y caer heridos varios españoles de a pie. El mismo Lerma había perdido todos los dientes de una pedrada. Con todo Quizo Yupanqui no tenía fuerzas suficientes para retar a los españoles y sus aliados a campo abierto así que se encaramó en lo alto del cerro San Cristobal derribando la cruz de su cima.
Francisco Pizarro, viendo el fin de la presencia española en Sudamérica envió misivas desesperadas a todos los gobernadores de Indias.
La carta más destacada es la enviada al mismo Pedro de Alvarado, el conquistador de México, el Tonatiuh de los aztecas y gobernador de Guatemala quién había intentado, solo un tiempo antes, arrebatarles el Perú a los Pizarro con una poderosa expedición solo para lograr ser humillado al malvender su hueste a los socios peruleros.
La misiva está fechada el 20 de julio de 1536 en la que le explica la grave situación en la que se encontraba el Perú y le dijo que “se rebeló el inca e levantó la tierra, e me ha muerto ciertos cristianos, e tiene cercada la ciudad del Cuzco, que no sé de los cristianos cinco meses ha, e está la tierra tan dañada que ningún cacique sirve, e ha habido muchas victorias con nosotros, e de lo uno e de lo otro tengo gran pesar que me consume la vida.”
Fue Diego de Ayala el que llevó esa desesperada carta a Guatemala; después fue a Nicaragua en donde reclutó muchos españoles con experiencia. El mismo Pascual de Andagoya escribió al emperador Carlos V desde Panamá diciéndole que “el señor del Cuzco y de toda la tierra es alzado…La rebelión se ha comunicado de provincia en provincia y se vienen alzando de golpe. Llegarán ya caciques alzados hasta cuarenta leguas de la ciudad de los Reyes. El gobernador pide socorro, y se le dará todo el posible de aquí.”
La noticia causó gran alarma en la misma España.
En febrero de 1536 el Obispo de Berlanga escribió al Emperador que los hermanos Pizarro cometían toda clase de abusos y que no cumplían con las ordenanzas en favor de los indios peruanos denunciando el maltrato cometido contra Manco Inca diciéndole que “los gobernadores se han servido de él, y todos los que han querido.”
En abril el licenciado Espinosa escribía también al rey dándole cuenta de las primeras muertes de españoles en el Cusco por indios exasperados por sus crímenes; la noticia del cerco del Cuzco llegó en Agosto y cuyo informe rezaba que “diz que este alzamiento había sido causa Hernando Pizarro, porque diz que había atormentado a un cacique principal suyo, porque le diesen mucho oro y plata.”
Al final no fueron los refuerzos españoles los que salvaron a Francisco Pizarro en Lima sino los huancas y el apoyo de la cacica Cortahuacho de Huaylas, madre de la joven esposa del gobernador, Doña Inés Huaylas la que echó al traste con la toma de Lima mientras que sus hermanos en el Cusco estaban siendo salvados por los incas cusqueños y collas enemigos de Manco Inca.
Los refuerzos que en ingente cantidad llegaron a Lima en respuesta a sus misivas sirvieron para que Alonso de Alvarado cometiera genocidio en su paso por la sierra central hacia el Cusco y para que los hermanos Pizarro triunfen sobre Diego de Almagro. Después sirvieron para sentenciar la guerra de Manco Inca que se tuvo que refugiar en Vilcabamba perdiendo toda esperanza de restaurar el Tahuantinsuyu.
Si bien Francisco Pizarro y sus hermanos fueron rescatados y salvaron la gobernación tanto el alzamiento como las noticias de los funcionarios de Indias como las cartas de Pizarro convencieron a Carlos I de Castilla de que era necesario legislar los reinos del Perú escuchando las recomendaciones de Bartolomé de Las Casas y arrebatarles a todos los conquistadores de Indias sus posesiones y gobernaciones sentando las bases de los inminentes virreinatos por medio de las "Leyes Nuevas".
Al final, la bravura y el heroismo de Manco Inca y Quizu Yupanqui lograron cambiar la faz de todos los reinos de Indias a pesar de su inevitable derrota final.
